漫画简介：
本作剧情承接前作《拳皇'99 千年之战 》和《拳皇2000》，依旧由NESTS举办赛事，这次因为首脑之子伊格尼斯（Igniz）的篡位而令组织逐步走向灭亡。主角K、麦克斯与比他更早背叛组织的葳璞（Whip）及为寻人参赛的麟（Lin）组队。海迪伦上校因为葳璞跟NESTS的关系默许她去跟K组队，知情的的他退于幕后多时、再度亲身参与KOF大赛。在赛前突然出现于红丸、真吾面前的草薙京，三人与大门五郎再次组成队伍参赛。另一方面，特务凡妮莎（Vanessa）、赛斯（Seth）及拉蒙（Ramon），则与未知草薙京下落仍在找寻的八神庵组成队伍参赛。之前与K对战过的库拉接受NESTS的命令，与草薙京第9999号克隆人K-9999，还有肌肉组织改造人、个性随便、穿着清凉的白发女性安琪（Angel），以及忠心而将NESTS组织的旗帜绑在头发上的NESTS组织高层成员兼库拉保护人的Foxy组成队伍。
到了大赛后段，库拉亦开始思考自己过去，最后决定与其队友们背叛组织。在大赛末段在飞船上遇上NESTS组织最高层统领并使用音巢对流拳武术的零（ZERO）、麟所找寻的目标——屠杀了族人被同族视为罪人的前族之首龙（Ron）、同为NESTS组织高层成员被救回的古利查力度（Krizalid）出现于主角K等人面前，其后打败了出战的零后，众人逃离飞船到达了太空基地。遇上认为能够主宰世界、自称世界之神亦使用音巢对流拳武术的NESTS组织决策人伊格尼斯，他意图利用太空基地达到想随意控制世界的野心，最终由K及库拉等众人合力击倒，最后伊格尼斯因与事愿违决定留下跟NESTS太空基地一同毁灭。
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